Lista de workshop-uri

Bioinformatica fără frontiere: de la infrastructura de date la aplicații multidisciplinare

Instituție gazdă:
Universitatea de Vest din Timișoara

Coordonatori:
Dr. Habil. C.S.I Cojocaru Vlad, Utrecht University/Babes Bolyai University
Dr. Mirăuță Bogdan, Eagle Genomics
Prof.univ.habil. Pârvulescu Lucian, UVT
Dr. C.S.III Mizeranschi Alexandru, SCDCB Arad
Prof.univ.habil. Zaharie Daniela, UVT

Descriere:
Un spectru larg de metode computaționale grupate în domeniul larg al Bioinformaticii bazate pe resurse de date și/sau pe principii fizico-chimice ce include algoritmi variind de la inteligența artificială până la simularea dinamicii moleculare sunt esențiale în cercetarea biomedicală. Precizia acestor metode a crescut semnificativ în ultimii ani datorită dezvoltării continue a algoritmilor, a creșterii ample a resurselor de date ce pot fi folosite, și a creșterii substanțiale a puterii de calcul disponibile în centre de calcul de înaltă performanță. Dezvoltarea expertizei în bioinformatică în România implică dobândirea de competențe în toate aceste aspecte și este esențială pentru viitorul cercetării biomedicale.

În același timp, abordările moleculare de estimare a biodiversității și a variabilității genetice sunt complementare tehnicilor clasice de taxonomie bazată pe criterii morfologice. Un salt important în domeniul taxonomiei moleculare a fost făcut odată cu dezvoltarea tehnicii de DNA-barcoding: secvențierea unor regiuni din genom, unice pentru fiecare specie. Fie că e vorba de regiunile 16S, COI, ITS, rbcL sau matK, ele funcționează întocmai ca un cod de bare, unic pentru fiecare taxon. În momentul de față, ne aflăm în fața unui alt pas important: dezvoltarea genomicii. Genomica nu se rezumă doar la secvențierea unor anumite regiuni din genom ci la secvențierea întregului genom. Pe măsură ce această tehnică este dezvoltată și implementată pe scară largă, scad și costurile. Printre avantajele secvențierii întregului genom se numără creșterea rezoluției în abordările taxonomice, implementarea de măsuri de conservare prin asocierea unor caractere fenotipice cu regiuni din genom, evitarea consangvinizărilor în programe de reintroducere. Din ce în ce mai multe țări dezvoltă proiecte de genomică iar la nivel european există proiectul European Reference Genome Atlas, iar dezvoltarea unei rețele de oameni și institute la nivel național este mai importantă decât oricând, pentru ca în România să prindă contur studiile axate pe genomică.

Workshopul “Bioinformatica fără frontiere: de la infrastructura de date la aplicații multidisciplinare” țintește să crească expertiza națională prin instruire și prin dezvoltarea cadrului de colaborare dintre experți internaționali și cercetătorii din România. Ne propunem să aducem laolaltă în cadrul acestui eveniment nume cu rezonanță în domeniu, cercetători din Diaspora sau colaboratori apropiați ai acestora. Cele șase sesiuni ale workshopului vor găzdui experți în diverse arii ale bioinformaticii (genomică, proteomică, metabolomică și bioinformatică structurală), în resursele de date și de calcul de înaltă performanță, cât și experți în cercetare fundamentală experimentală care beneficiază direct de infrastructură și metodele computaționale.

Sesiunile sunt împărțite în așa fel încât să constituie unități tematice, dar în același timp să contruiască punți între ele. Workshop-ul va începe cu două sesiuni de prezentări în domeniul cercetătorilor la nivel genomic, prima focusată pe reglarea genomică, iar a doua pe metode de inteligență artificială în studiile genomice.

Sesiunea a treia este dedicată biodiversității și metodelor genomice aplicate pentru conservarea și dezvoltarea acesteia. Sesiunea a patra este dedicată infrastructurii de calcul absolut indispensabile studiilor computaționale la diverse scale. În principal, sesiunea va aborda tema infrastructurii de calcul științific de înaltă performanță care în ultimii ani s-a dezvoltat semnificativ în toata lumea, iar Uniunea Europeană are un întreg program dedicat acestei infrastructuri menită să susțină cercetarea fundamentală în domenii diverse, între care și științele vieții (https://eurohpc-ju.europa.eu/index_en). Ultimele două sesiuni sunt dedicate metodelor de bioinformatică structurală, care sunt folosite pentru studierea sistemelor și proceselor biologice la rezoluție foarte înaltă, ajungând până la rezoluție atomică. În ultimii ani, aceste metode între care se regăsesc metode de prezicere a structurii tridimensionale a biomoleculelor, cât și metode de simulari ale dinamicii acestora, au atins un nivel de precizie atât de înalt încat pot fi nu doar complementare celor experimentale, ci chiar pot să le înlocuiască în anumite cazuri.

Workshop-ul țintește integrarea resurselor într-o platformă națională dedicată și elaborarea unui roadmap pentru dezvoltarea în România a infrastructurii computaționale și a resurselor de date specifice. Acesta se va realiza sub egida Societății Române de Bioinformatică și a Clusterului Român de Bioinformatică.

Informații detaliate privind workshop-ul sunt disponibile aici.

Contact:
Prof.univ.habil. Zaharie Daniela, UVT
Email: daniela.zaharie@e-uvt.ro

Locatie: 

Universitatea de Vest din Timisoara, blvd Vasile Pârvan, nr 4, sala 048 – parter/ sala 130

AGENDA WORKSHOP